La doctrina de La Ligua existía ya en 1585 circunscrita al pueblo o núcleo indígena de la encomienda de Gonzalo de los Ríos. En una carta del Obispo de Medellín fechada ese año se lee que: "Diego Falcón, clérigo presbítero, sirve la doctrina del Ingenio del azúcar del general Gonzalo de los Ríos"(25), pero no conocemos otras noticias durante el resto del siglo XVI. Sólo 50 años después volvemos a saber de ella por un conflicto que opondrá a los hacendados del ingenio con el cura doctrinero.

El sistema de dominio de la gran propiedad se había consolidado en todo el territorio y muy particularmente se hacía notorio en las encomiendas de De los Ríos, las que mostraban una indiferenciación entre las tierras del encomendero y tierras del pueblo de indígenas de La Ligua ya en la propia merced otorgada por Valdivia en el siglo XVI y que las había originado(26). A comienzos del siglo XVII la doctrina de La Ligua seguía reducida esencialmente al pueblo de indios y a la hacienda del Ingenio, cuya producción azucarera daba nombre al lugar.

Al frente de la hacienda se encontraba su propietaria doña Catalina de los Ríos (esposa de Alonso de Carvajal, encomendero también en la región), muy vinculada a la orden de los agustinos por relaciones familiares y de vecindad, ya que dicha orden religiosa era propietaria de otra hacienda vecina a la doctrina del Ingenio o de La Ligua(27). La inobservancia por parte de la hacendada de los derechos asignados a los indígenas se opusieron al celo misionero del cura doctrinero llevando a aquélla a indisponerse con los agustinos de la hacienda vecina, orden a la cual pertenecía el cura(28).

Las necesidades de mano de obra en la hacienda acrecentadas con el perfeccionamiento y complejidad en la explotación de estas unidades económicas, afectaron a la estabilidad de los pueblos de indios encomendados, especialmente por el servicio indiscriminado que hizo de ellos el hacendado. Los abusos motivaron no sólo la oposición de los doctrineros, sino también la intervención de la justicia real (29).