La doctrina se confunde con los inicios de la ocupación del territorio conquistado por los españoles. Emerge durante el siglo XVI alrededor de los más importantes núcleos de concentración de población indígena con el fin de atender a la evangelización de éstos. Posteriormente, cuando se produce el despoblamiento de esos centros de alta densidad -como resultado de un serie de factores que van desde el shock bacteriológico al desgano vital-(23) la doctrina se extingue o se fusiona con otras vecinas.

Ya en la primera mitad del siglo XVII las autoridades locales advierten las dificultades que se le presentan al doctrinero para atender una región demasiado extensa (como resultado de haberse fusionado dos o más zonas vecinas antes despobladas), toda vez que el número de fieles que la pueblan -no sólo indígenas, sino también colonos españoles o mestizos- ha aumentado(24).

Otro elemento que contribuyó a desequilibrar la organización primitiva de la doctrina fue el traslado indiscriminado de los indígenas encomendados. Llevados de una propiedad a otra del encomendero según las necesidades de mano de obra de ese momento, los primitivos pueblos de indios se desintegraron no sólo en su estructura social interna, sino también en las relaciones que le unían al proceso de evangelización iniciado por la Iglesia con la antigua doctrina. El cura doctrinero debía visitar los núcleos indígenas afectos a su doctrina para catequizarlos, celebrar la misa, bautizar, confesar y casar. Al repartirse los indígenas encomendados a través de las diversas estancias de los encomenderos aumentó considerablemente el radio de acción del cura y creció también el número de población al que debía prestar su atención espiritual.