1. Lo que el mariscal Francisco de Villagrán, gobernador de las provincias de Chile, ha de hacer en servicio de Dios, nuestro señor, y bien de dicha tierra  por mandado de Su Majestad. 20 de diciembre de 1558. (5).

2. Expediente de doña Marina Ortiz de Gaete, mujer del Gobernador de Chile don Pedro de Valdivia, acerca de los repartimientos de indios que le fueron concedidos como pertenecientes a su marido. 15601573. (8).

3. Segundo expediente de doña Marina Ortiz de Gaete, mujer del Gobernador de Chile, don Pedro de Valdivia, acerca de los repartimientos de indios que le fueron concedidos como pertenecientes a su marido. 13 de enero de 1560 a 1578. (21).

4. Pleito seguido por Juan Pérez de Zorita, como Gobernador de la provincia de Tucumán, para eximirse de la jurisdicción de Francisco de Villagra, que ejercía igual cargo en Chile. 1561. (40)

5. Carta de Rodrigo de Vega a Su Majestad, acerca del repartimiento de indios de Quillota. 1º de febrero de 1561. (98).

6. Carta de Francisco de Villagra al Rey, en recomendación del licenciado Agustín de Cisneros, su hermano. 14 de febrero de 1561. (99).

7. Carta de Francisco de Villagra a Su Majestad, en la que refiere lo que se propone ejecutar en Chile luego que tome posesión del gobierno. 27 de febrero de 1561. (101).

8. Fragmento de una carta de Ortega de Melgosa al Rey, acerca del oro que iba de Chile y de la partida de Villagra de Lima. 28 de abril de 1561. (103).

9. Información que se hizo ante el Gobernador y el auto que dio, en que da su parecer y provee en el entretanto a cumplimiento de dos mil pesos para salario de los oficiales reales. 29 de agosto de 1561. 104. Probanza presentada ante el Gobernador Rodrigo de Quiroga por el factor Rodrigo de Vega Sarmiento. (114).

10. Carta del Gobernador de Chile al Consejo de Indias en recomendación de Rodrigo de Vega. 15 de septiembre de 1561. (127)

11. Carta de Rodrigo de Vega a S. M., haciendo presente sus méritos. 10 de octubre de 1561. 128.

12. Carta de Arnao Zegarra Ponce de León al Rey, dando cuenta de sus méritos y persecuciones que ha sufrido. 2 de enero de 1561. (129).

13. Carta del Gobernador Francisco de Villagra al Virrey del Perú, dándole cuenta de lo que hasta entonces había hecho en su gobierno. 21 de enero de 1562. (132).

14. Carta de Juan Salvador a la Audiencia de Lima acerca del proceder del Gobernador Villagra. 14 de febrero de 1562. (135).

15. Carta a S. M. de Baltasar de León, dando cuenta de sus servicios. Último de febrero de 1562. (140).

16. Carta de tres frailes franciscanos de Chile a fray Bartolomé de las Casas, dando cuenta de los trabajos que sufrían los indios. 6 de marzo de 1562. (143).

17. Carta del Licenciado Juan de Herrera a la Católica Real Majestad del Rey don Felipe en su Real Consejo de las Indias, acerca de sus procedimientos en Chile. 30 de abril de 1562. (145).

18. Carta de los franciscanos fray Luis Zapata y fray Antonio de San Miguel sobre algunos particulares del gobierno espiritual y temporal de Chile. 2 de agosto de 1562. (149).

19. Carta de los mismos al Consejo de Indias sobre la propia materia de la anterior. 2 de agosto de 1562. (150).

20. Encomienda de indios dada por Francisco de Villagrán a Juan Pérez de Campo. 9 de agosto de 1562. (152).

21. Carta de Miguel Martín al Rey en la que refiere sus servicios y se queja del Gobernador Villagra. 8 de octubre de 1562. (154).

22. Carta de Rodrigo de Vega al Rey sobre varias materias de gobierno y hacienda. 12 de octubre de 1562. (155).

23. Documentos presentados en Madrid por Iñigo López de Mondragón en nombre de Alonso de Aguilera como mandatario de las ciudades de Chile. 18 de noviembre de 1562. (159).

24. Carta de Juan de Anguciana al Rey dándole cuenta de cierto motín que hubo en Panamá por señoría de Chile. 16 de diciembre de 1562. (199).

25. Carta de fray Antonio de San Miguel, en la que avisa haber recibido su nombramiento para obispo de la Imperial y remite su información de vita et moribus. 21 de diciembre de 1562. (202)

26. Documento enviado al Consejo de Indias por Arnao Zegarra Ponce de León como justificativo a las acusaciones que había hecho a Francisco de Villagra. 1562. (203).

27. Bautista Ventura, estante en la provincia del Perú, con el señor Fiscal, sobre que se le dé licencia para volver al Perú y se revoque cierto auto contra él dado por el Virrey, en que le condenó a destierro perpetuo. Año de 1562. (214).

28. Carta del Cabildo de Santiago al Rey dando cuenta del mal gobierno de Francisco de Villagra, y de cómo enviaba por procuradores a la corte al Licenciado Juan de Escobedo y a Francisco de Riberos. 18 de febrero de 1563. (219).

29. Proceso criminal entre el Fiscal de S. M. y Alonso Benítez sobre haberse alzado contra el servicio de S. M.; y autos seguidos por Juan de Montenegro con Pedro Guajardo sobre ciertos indios de Valdivia. 13 de marzo de 1563. (221).

30. Carta de Rodrigo de Vega Sarmiento al Rey, hablando de la conveniencia de que se ponga nuevo Gobernador en Chile, y de sus trabajos y mercedes que solicita. 31 de marzo de 1563. (271).

31. Carta de Julián de Bastidas al Rey, en la cual dice envía ciertos capítulos de acusación contra Francisco de Villagra. 10 de mayo de 1563. (273).

32. Carta del Cabildo de la ciudad de Santiago a Su Majestad, anunciando la muerte de Villagra y pidiendo se nombre de Gobernador a Rodrigo de Quiroga. 1º de julio de 1563. (274).

33. Carta de Francisco de Ulloa a Su Majestad, dando cuenta de los malos efectos del gobierno de Francisco de Villagra. 11 de agosto de 1563. (275).

34. Carta de la ciudad de la Concepción al Consejo de Indias en la que refiere los sucesos acaecidos en el gobierno de Villagra. 12 de agosto de 1563. (279).

35. Poder de Pedro de Villagra, Gobernador de Chile, al Virrey del Perú y otro, para que gasten de su cuenta hasta sesenta mil pesos en socorros para Chile. 12 de agosto de 1563. (283).

36. Carta de Juan Godínez al Consejo de Indias, indicando la conveniencia de que vuelva a gobernar a Chile don García Hurtado de Mendoza. 8 de septiembre de 1563. (286).

37. Carta del Cabildo de la ciudad de Santiago de Chile a Su Majestad, dándole cuenta de la muerte de Francisco de Villagra y de haber sido recibido Pedro de Villagra. 15 de septiembre de 1563. (288).

38. Carta de Antonio González al Rey en solicitud de que se provea nuevamente a don García de Mendoza para el gobierno de Chile. 15 de septiembre de 1563. (290).

39. Carta del Cabildo de Santiago al Rey, en recomendación de los méritos de Diego de Velasco. 5 de noviembre de 1563. (291).

40. Carta de don Francisco de Irarrázaval al Consejo de Indias en solicitud de que se apruebe la merced que le hizo el Virrey del Perú de ciertos pesos de oro. 10 de noviembre de 1563. (292).

41. Ordenanzas que hizo Pedro de Villagra, Gobernador de Chile, aprobando las del Licenciado Hernando de Santillán en favor de los indios de Chile. 12 de diciembre de 1563.  (293).

42. Carta del Cabildo de la ciudad de Santiago de Chile a Su Majestad dando cuenta del estado de la tierra, y en solicitud de que se funde Audiencia Real. 31 de diciembre de 1563. (298).

43. El Fiscal de Su Majestad contra Juan Núñez de Vargas, Tesorero de la provincia de Chile, sobre 3.800 y tantos pesos, etc. 5 de febrero de 1562. (300).

44. Carta del Licenciado Juan de Herrera a S. M. en la que refiere las pretensiones de varios al gobierno del reino, y especialmente trata de Francisco de Aguirre. 8 de enero de 1564. (309).

45. Carta del Licenciado Hernando de Santillán al Licenciado Castro quejándose de la manera como se le trataba. Sin fecha. (313)

46. Pleito seguido a instancias de Hernando de Santillán y consortes, vecinos de la ciudad de Arequipa, con el Licenciado Cristóbal Ramírez de Cartagena sobre que dé cuenta de cierta información de testigos que aquellos le habían entregado. 27 de enero de 1564. (314).

47. Pleito de Pedro Guajardo contra Alonso Benítez, en el que figuran varias actuaciones seguidas contra éste, Martín de Peñalosa y Francisco Talaverano. 29 de abril de 1564. (331).

48. Carta del Capitán Juan Pérez de Zurita pidiendo socorros al Cabildo de Santiago y dando cuenta de la crítica situación en que se hallaba el Gobernador. 2 de enero de 1564. (353).

49. Carta del Licenciado Juan de Herrera a S. M. sobre la conveniencia de crear un obispado en los Juríes, segregándolo del de Santiago, y acerca de los méritos del Bachiller Melchor Calderón. 1º  de mayo de 1564. (357).

50. Carta al Rey del Obispo González Marmolejo acerca de la misma materia de la precedente. 8 de mayo de 1564. (358).

51. Carta del Cabildo de Valdivia al Rey en recomendación de Pedro de Villagra y en solicitud de que se explore el Estrecho de Magallanes y vengan por él mil hombres de socorro. 8 de julio de 1564. (360).

52. Fragmento de una carta del Licenciado Castro a Su Majestad acerca de un motín intentado en Panamá por ciertos soldados de Chile. 12 de julio de 1564. (361).

53. Carta a Su Majestad del Licenciado Santillán, Presidente de la Audiencia de Quito, sobre materias de gobierno del Perú. 15 de julio de 1564. (366).

54. El Cabildo Eclesiástico de Santiago de Chile a S. M. sobre la separación de las provincias de los Juríes y Diaguitas del obispado de Santiago. 7 de agosto de 1564. (374).

55. Carta de los oficiales reales de Santiago a S. M., en la que hacen relación del estado de las cobranzas que iban siguiendo contra ciertos vecinos. 23 de octubre de 1564. (377).

56. Don Francisco de Irarrázaval a S. M. haciendo relación de algunos de sus servicios y de la manera que se proveían los repartimientos de indios en Chile. 20 de noviembre de 1564. (382).

57. Memorial de Juan Gómez al Consejo de Indias acerca de la mudanza que se había hecho de la catedral de la ciudad de Santiago a la de la Concepción. 12 de diciembre de 1564. (385).

58. El Licenciado Calderón en nombre de algunos pueblos de las provincias de Chile sobre que se manden ver las cartas y peticiones que presentaron, y proveer las cosas que refieren para el bien de aquella tierra. 1564. (396).

59. Carta de Cristóbal de Molina al Rey sobre las cosas que debían remediarse en Chile. 16 de septiembre de 1564. (401).

60. Carta del Cabildo de Concepción al Rey, dándole cuenta del estado de la tierra. 28 de noviembre de 1563. (405).

61. Carta del obispo don Rodrigo González al Rey, en solicitud de que nombrase por su sucesor  al Tesorero don Melchor Calderón. 8 de septiembre de 1564. (409).

62. Carta del Cabildo de Santiago al Rey pidiendo que se elija para sucesor del Obispo don Rodrigo González a don Melchor Calderón. 13 de septiembre de 1564. (410).

63. Carta de Rodrigo de Vega Sarmiento al Rey, acerca de varios puntos de gobierno y guerra. 8 de septiembre de 1564. (412).

64. Relación que envió de la provincia de Chile Francisco Gutiérrez Altamirano contra el Gobernador Francisco de Villagra. 1564. (415).

65. Probanza que se hizo a pedimento del Gobernador  Pedro de Villagrán en la Audiencia Real de la ciudad de los Reyes, de los servicios que hizo a S.M. en las provincias de Chile, de tres años a esta parte, que volvió de estos reinos para los de Chile el dicho Pedro de Villagrán con socorro de gente y con comisión del Virrey Conde de Nieva. 25 de octubre de 1565. (433).