¿Qué labor, entretanto, desarrollaba Vicuña Mackenna desde su sillón de la Facultad de Humanidades? Consultas, opiniones, y en 1863 una moción para suprimir el estudio obligatorio del latín.

En 1865 renovó esa moción, abriendo una de las mas ruidosas y eficaces campañas de aquel tiempo. Á raíz de cierta indicación sobre preferencia para los que hubiesen rendido examen final de griego en la provisión de clases de humanidades, hecha por el profesor justo Florián Lobeck, Vicuña planteó de nuevo el problema, insinuando el reemplazo del estudio del latín por el de dos o tres idiomas vivos o de alguna ciencia.

A propuesta suya la Facultad acordó designar una comisión informante, de la que serían miembros Vicuña, Barros Arana, Larraín Gandarillas y Lobeck. Los nombrados no pudieron ponerse de acuerdo, según era de temer, y opinaron separadamente, inclinándose los señores Barros Arana y Larraín en contra del proyecto.

El informe de Vicuña Mackenna, discutido en las sesiones de 24 de Mayo y 13 de Junio, contenía un erudito y elocuente alegato en favor de la supresión. «El latín, decía, era el idioma de los sabios y de los santos, como hoy ha pasado a ser el de los mártires», aludiendo con humorismo al sacrificio que representaba para los alumnos de humanidades el estudio forzoso de una lengua, difícil de suyo, deficientemente enseñada, y que dificultaba el acceso de muchos a las carreras profesionales. El problema era examinado bajo todos sus aspectos. Y en ese examen se reconocía toda la importancia investida por el latín, lengua clásica, como expresión de la cultura de una época.

La supresión, empero, no se consiguió de inmediato, si bien los argumentos de Vicuña Mackenna la decidieron más tarde. Al término de las agitadas sesiones en que se discutió el asunto en la Facultad de Humanidades, Vicuña propuso que se estableciese una educación humanística exenta del estudio de latín y se mejorase la enseñanza de éste para hacerla de más provecho a quienes debieran estudiarlo. En esa indicación se colocaba justamente en el punto de vista en que hoy, transcurridos más de sesenta años, conviene situarse para resolver sobre el particular. El latín, no obligatorio en los cursos humanísticos, debe serlo en algunos ramos de enseñanza especializada, como derecho, historia, letras...

La campaña sobre supresión del latín despertó gran interés en esos días de 1865, en que por doquier alentaban ansias de reforma. Casi toda la prensa -incluso «El Independiente», órgano del partido conservador- acogió con entusiasmo la moción de Vicuña. Este, por otra parte, tocó todas las campanas de la propaganda y pidió la ayuda de sus amigos, uno de los cuales, Isidoro Errázuriz, publicó en «La Patria» artículos de notable interés.

Pero fue entre los estudiantes en donde la reforma del estudio del latín encontró eco más apasionado. Los muchachos rodearon a Vicuña Mackenna, organizando manifestaciones, abriéndole calle a la salida de la Universidad, aplaudiéndolo con estrépito y entonando canciones. Ciertas versainas, de algún anónimo admirador, decían:

«Gracias, mil gracias, Doctor,
Doctor recién doctorado,
Poeta libertador
De tanto martirizado» .