El propósito de Gómez Millas era crear una Facultad de Ciencias que se encargara de coordinar los trabajos de los institutos, laboratorios y centros de investigación ya existentes pero dispersos entre las doce facultades. Para lograrlo dispuso el nombramiento de una comisión, pero la falta de recursos y de respaldo de los sectores científicos obligó a desechar la idea original reemplazándola por un Instituto de Ciencias, dependiente del rector. Sus finalidades fueron estimular el estudio e investigación de las ciencias básicas, impartir enseñanza y propender al perfeccionamiento de la preparación científica para la docencia superior. En marzo de 1963 el Consejo Universitario aprobó el plan de estudios para primer año. George Hodson, su director, concurrió al Consejo a informar que de los 172 postulantes al instituto fueron seleccionados 24: doce bachilleres en matemáticas y doce en biología. El plan de estudios, orientado a plantear grandes problemas de las ciencias en cuatro campos, fue confeccionado por Danko Brncic para la asignatura de biología; por Osvaldo Cori para química, por Igor Saavedra para física y Santiago Arias para matemáticas. Hodson esperaba que el instituto fuera un paso para la futura creación de una Facultad de Ciencias.
La Facultad de Ciencias jurídicas y Sociales poseía cinco escuelas universitarias: De Derecho en Santiago y Valparaíso, de Servicio Social en las dos ciudades y la de Ciencias Políticas y Administrativas. Esta última, creada inicialmente para preparar personal de nivel medio destinado a la administración pública, se hallaba en estos años en proceso de formación, y derivó posteriormente en escuela universitaria durante su rectoría. La Facultad tenía, además, cuatro organismos de investigación: el Instituto de Ciencias Políticas y Administrativas, creado en 1954; el Centro de Investigaciones Criminológicas, establecido en 1957; el Centro de Estudios de Derecho Americano Comparado, que surgió por iniciativa de la Segunda Conferencia Latinoamericana de Facultades de Derecho en 1962; y el Centro de Investigaciones Documentales, creado en 1958 con sede en Valparaíso.
Por su parte, la Facultad de Ciencias Económicas tenía seis organismos docentes: las escuelas de Economía de Santiago y Valparaíso, la Escuela de Contadores Auditores creada en 1958, el Centro Interamericano de Enseñanza de Estadística, el Centro de Planificación Económica y el Departamento de Graduados. Dependiente de la Facultad operaba el Instituto de Economía, dirigido a la investigación. La apertura del Centro de Planificación Económica fue discutida en el Consejo ante la necesidad de que existiera una mayor participación de la Universidad en ese aspecto. Entonces sólo había grupos de planificación en la CORFO y el Ministerio de Obras Públicas dirigidos a proyectos específicos y no a la economía general.
La Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas poseía un gran número de institutos de investigación, siendo superada sólo por la Facultad de Filosofía y Educación. A sus cuatro escuelas profesionales: Ingeniería, Construcción Civil, Geología (inaugurada en 1958) y de Física y Matemáticas, que conducía al grado académico de licenciado en física, agregaba trece institutos: los Centros de Vivienda y Construcción, de Planeamiento, Radiación Cósmica Química, de Geodesia, y el Científico de Transportes, el Observatorio Astronómico, y los Institutos de Geofísica y Sismología, Geología, Metalurgia, de Investigaciones y Ensaye de Materiales, de Física y Matemáticas, y de Investigaciones y Ensayes Eléctricos, creado en 1957.
El rector otorgó gran apoyo a las actividades en física nuclear, invirtiendo en este campo cantidades de dinero antes desconocidas en el cultivo de las sias en Chile. También entregó fondos para una biblioteca especializada en física y para el perfeccionamiento en el extranjero de los egresados de la Escuela de Física, y contrató al físico holandés J.J. van Loef, para enseñar a los jóvenes físicos el manejo de los laboratorios. La facultad poseía, a partir de 1959, una Escuela de Graduados.
Respecto a la Facultad de Arquitectura tenía dos organismos docentes bajo su dependencia: la Escuela de Arquitectura de Santiago y el Curso de Arquitectura de Valparaíso, y cuatro institutos de investigación: Edificación Experimental, Estabilidad Experimental, Teoría e Historia de la Arquitectura y de Vivienda, Urbanización y Planeación. La facultad estaba en reorganización a fines del rectorado.
La Facultad de Agronomía contaba con tres escuelas profesionales: Agronomía, Ingenieros Forestales y el Centro de Capacitación Agrícola, creado en 1962 y que reemplazaba en cierto modo a la desaparecida Escuela Práctica de Agricultura, más un organismo de investigación: la Estación Experimental Agronómica, que funcionaba en la hacienda "La Rinconada", enfrentaba como principal dificultad la disminución de la actividad de dicha propiedad. Por razones presupuestarias su producción había descendido y era preciso invertir mayor capital para evitar un colapso. A fines del rectorado su decano Ruy Barbosa propuso la creación del Instituto de Investigaciones Forestales.
La Facultad de Ciencias Pecuarias y Medicina Veterinaria tenía bajo su control la Escuela de Medicina Veterinaria, el Instituto de Higiene y Fomento de la Producción Animal, el Centro de Inseminación Artificial, el hospital "tules Besnard" y la clínica "Arístides Ramírez", el hospital "Enrique Amion" y la clínica "Dolores Pinto" y el Servicio de Cirugía. Estaba en reorganización a contar del 1 de enero de 1962.
La Facultad de Medicina poseía los siguientes organismos docentes: las escuelas de Medicina, de Enfermeras, de Obstetricia y Puericultura de Santiago y Valparaíso, de Salubridad, de Graduados y de Tecnología Médica, creada en 1960. Además, siete organismos de investigación, los centros: de Antropología Médica, que surgió en 1958, de Investigaciones Históricas de la Medicina, y de Psiquiatría Experimental, el Laboratorio de Investigaciones Pediátricas y los Institutos de Anatomía Patológica y Diagnóstico del Cáncer, de Investigaciones Alcohólicas y de Neurocirugía e Investigaciones Cerebrales. A ellos se sumaban ocho organismos mixtos, de docencia e investigación y una Escuela de Graduados.
La Facultad de Química y Farmacia tenía también una Escuela de Graduados y en 1958 creó la carrera de bioquímico. Estos estudios se cursarían junto a los de químico-farmacéutico, diferenciándose a partir de cuarto año. También se organizó la carrera de químico, que funcionó a partir de 1960. Sus organismos de investigación eran los Institutos de Botánica y de Investigaciones y Ensayes Farmacológicos (IDEF), destinado a impulsar la industria química y llevar sus adelantos científicos hasta los 70 laboratorios existentes en la época, y el Centro de Investigaciones de Química. A ellos se sumaba una Escuela de Graduados. Este tipo de escuela encontró resistencia en el rector cuando fue propuesta en 1956 por su decano Carlos Tapia para la Facultad de Odontología. En su opinión, esta facultad y la de Química y Farmacia debían programar sus cursos para graduados en la escuela similar que ya existía en la Facultad de Medicina. Pero al crearse en la Facultad de Química y Farmacia, terminó por aceptarse.
La Facultad de Odontología no poseía organismos de investigación y tenía tres escuelas de tipo docente: las escuelas Dentales de Santiago y de Valparaíso y la Escuela de Graduados.
Tres organismos docentes poseía la Facultad de Ciencias y Artes Musicales: el Conservatorio Nacional de Música de Santiago, el Instituto Secundario y el Conservatorio de Música de La Serena. A éstos se agregaba un organismo de investigación: el Instituto de Investigaciones Musicales.
La Facultad de Filosofía y Educación poseía como organismos de enseñanza: el Instituto Pedagógico de Santiago, el Instituto de Educación Física y Técnica, el Instituto Pedagógico de Valparaíso, las Escuelas de Periodismo, de Biblioteconomía (creada en 1959 y llamada antes Escuela de Ciencias Bibliotecarias), de Sociología, de Psicología, de Educadores de Párvulos -en reorganización a partir de 1960-, y el Liceo Experimental Manuel de Salas.
En 1960 se reestructuró la facultad, separando los estudios propiamente científicos de los profesionales, organizándolos en tres departamentos: de Ciencias Matemáticas y Naturales, de Filosofía y Letras, y de Ciencias Sociales. Estos departamentos pasaron a ser considerados como escuelas universitarias. Por otra parte, de la facultad dependían quince institutos de investigación.
Por último, de la Facultad de Bellas Artes dependían como organismos docentes, las Escuelas de Bellas Artes, de Artes Aplicadas y de Canteros. No poseía organismos de investigación.
Al concluir Juan Gómez Millas su período de rector, el personal dedicado a la investigación como función principal, era el siguiente:
| Facultad |
Número de investigadores
|
Porcentaje en cada facultad
|
|
Ciencias jurídicas y Sociales
|
7
|
1,65
|
| Ciencias Económicas |
29
|
6,89
|
|
Ciencias Físicas y Matemáticas
|
246
|
17,88
|
| Arquitectura |
17
|
7,69
|
| Agronomía |
39
|
12,11
|
| Ciencias Pecuarias y Medicina Veterinaria |
6
|
3,35
|
| Medicina |
19
|
0,56
|
| Odontología |
1
|
0,24
|
|
Ciencias y Artes Musicales
|
5
|
1,51
|
|
Filosofía y Educación
|
78
|
6,42
|
| Bellas Artes |
-
|
-
|
|
Química y Farmacia
|
23
|
9,42
|
| Rectoría y Secretaría General |
2
|
0,2
|
|
Departamento de Ciencias de Valparaíso
|
12
|
6, 22
|
|
Total
|
484 |
