En sus diez años como rector, Juan Gómez Millas continuó algunas líneas de trabajo trazadas por su antecesor Juvenal Hernández, así ocurrió con la creación de institutos de investigación al interior de las doce facultades, los que proliferaron hasta llegar a 59 al final de su período. Prosiguió, además, con la ramificación de la extensión a provincias, a la vez que se preocupó de modernizar la planta física, y los reglamentos y planes de estudios de las escuelas universitarias.

Como un aspecto novedoso Gómez Millas planteó la descentralización administrativa, consecuencia inevitable del crecimiento de la Universidad y que se expresó en la creación de la sede de Valparaíso y de los Colegios Universitarios Regionales. Su deseo fue vincular a la Corporación con el desarrollo nacional, para que aquella aportara sus conocimientos científicos en la solución de los problemas típicos del subdesarrollo. Relacionado con esta característica que trató de imprimir a la Universidad estuvo el propósito de establecer convenios con organismos estatales, como la CORFO y el Servicio Nacional de Salud, por citar sólo dos ejemplos.

Al impulsar la investigación en laboratorios, centros e institutos, el rector pensaba llegar finalmente a la profesionalización de la actividad académica, entendida no sólo como formación de especialistas, sino también convertir la creación e investigación científica en la labor principal de los profesores.

Intensa actividad desplegó el rector para conectar la Universidad con organismos extranjeros, acentuando los contactos internacionales por medio de la realización de congresos, el intercambio docente y la participación de destacados miembros de la Universidad en foros académicos.

Uno de los índices más reveladores de países en desarrollo dada su condición de tales -sostuvo el rector en 1961- era el escaso contacto de su juventud con los centros del saber mundial. Al comparar los países latinoamericanos con europeos, asiáticos y africanos de desarrollo similar al chileno, se apreciaba que el envío de estudiantes a las universidades alemanas y norteamericanas favorecía ampliamente a los países afroasiáticos. A su vez, Grecia poseía más de tres mil estudiantes en Alemania, Brasil tenía 113, y Argentina y Chile sólo 83. Y esto ocurría a pesar de las necesidades de profesionales e investigadores que existía en nuestro país. Esta situación debía modificarse radicalmente. Por ello, Gómez Millas buscó un mayor intercambio de becarios y creó las Escuelas de Graduados con ayuda de fundaciones extranjeras.

En el aspecto presupuestario, sin considerar aportes del extranjero y donaciones nacionales, logró obtener mayores recursos fiscales. La situación económica de la Universidad mejoró en las rectorías de Juvenal Hernández y Juan Gómez Millas. Para el período 1940-1958 hubo un mayor aporte estatal y un aumento constante de presupuesto por alumno, apreciándose que el Estado destinó fuertes sumas a la universidad, cuyo presupuesto creció proporcionalmente más que el destinado a. todo el Ministerio de Educación.

Por otra parte, la aprobación de la ley 11.575 permitió que, a partir de enero de 1956, las universidades chilenas contaran con más recursos. Se destinó el medio por ciento de todos los impuestos directos e indirectos de carácter fiscal y de los derechos de aduana y exportación, por un lapso de 20 años, para crear el Fondo de Construcción e Investigaciones Universitarias.

Las universidades debían orientar sus actividades hacia la colaboración con la CORFO, los organismos técnicos del Estado y las entidades y empresas privadas. Un Consejo de Rectores, presidido por el rector de la Universidad de Chile, se encargó de confeccionar planes de coordinación para utilizar dichos recursos, que se distribuyeron de la siguiente forma: 10/ 18 para la universidad estatal (debiendo destinar 2/ 18 para su sede de Valparaíso); 2/ 18 para la Universidad de Concepción; 2/ 18 para la Universidad Católica de Chile; 1/ 18 para la Universidad Católica de Valparaíso; 1/ 18 para la Universidad Técnica Federico Santa María de Valparaíso; 1/ 18 para la Universidad Técnica del Estado; y 1/ 18 para la Universidad Austral de Valdivia. Dicha ley llegó a representar, en 1963, el 9 por ciento de todo el presupuesto de la Universidad de Chile.

Entre las tareas de política universitaria que debió afrontar, algunas de las cuales quedaron inconclusas, estuvo el propósito de acomodar las estructuras universitarias al grado de expansión que experimentaba la Universidad. Gómez Millas nombró una comisión de reformas que preparó un nuevo Estatuto y el Consejo empezó su discusión en 1959, lo que motivó que se postergara el estudio de otras actividades. También debió acudir en defensa de las atribuciones de la Universidad de Chile respecto de otros establecimientos particulares de enseñanza superior. En virtud de la Ley Orgánica de 1931, vigente a la fecha, correspondía a la Universidad de Chile la tuición de toda la enseñanza superior, y había intentos de escapar a su control, especialmente de los centros universitarios regionales, a la vez que por la vía parlamentaria se buscaba su autonomía. Finalmente, dejó planteada la supresión del bachillerato que, de acuerdo al Estatuto, era un grado académico otorgado por la Universidad y que servía de requisito para el ingreso a las escuelas universitarias.

La expansión de la Universidad se reflejó también en el aumento de la matrícula estudiantil durante su rectorado. Al asumir el cargo en 1953, las escuelas universitarias albergaban a poco más de 11 mil alumnos y en 1963 llegaban a 16 mil; si se agregan a esta cifra los estudiantes de los cursos de graduados y de colegios universitarios regionales, superaban los 17 mil. En total, la Universidad proporcionaba educación a un universo de 35 mil personas, si se suma el alumnado de las escuelas que no exigían bachillerato para su ingreso y que entregaban enseñanza de nivel primario y secundario (como el Conservatorio de La Serena, el Centro de Capacitación Agrícola, el Curso de Artesanos, el Liceo Manuel de Salas, el Instituto de Estudios Secundarios de la Facultad de Ciencias y Artes Musicales) y la matrícula de las personas que participaban en las Escuelas de Temporada y cursos de extensión.