Respecto al contenido de los estudios, hay que aclarar que los cursos de la Facultad de Artes seguían el plan aristotélico, pero parece innegable que acogieron alguna parte de la filosofía moderna, particularmente en la física. Base para ello fue un cierto criticismo en la enseñanza que surgió de los jesuitas, quienes, hasta 1767, tenían en su colegio el mayor número de alumnos que se graduaban en la Universidad. El padre Miguel de Viñas, el respetado autor de filosofía de la Compañía de Jesús, había hecho planteamientos críticos frente a Aristóteles: "el filósofo no debe admitir sus dichos sin un examen e investigación diligentes, a fin de que pueda recibir la verdad y refutar lo falso" y luego: "buscamos la verdad: si la hallamos en los libros de él, lo abrazaremos, pero si él se aparta de la verdad, no dudaremos en abandonarle y refutarlo; en las cosas dudosas nos esforzaremos por explicarle, en las oscuras en aclararle, y en las demás por interpretarle". Ello llevó, en los cursos jesuíticos, a "un eclecticismo que se hace sentir sobre todo en la física" dice Walter Hanisch, quien ha examinado con detención algunos de los textos manuscritos que se conservan de aquellos que se utilizaron para la enseñanza, tanto en el colegio jesuita como en la Universidad.

En teología las exposiciones siguieron, en general, el plan tomista, que hemos visto al referirnos a las universidades conventuales. Es posible que haya habido algunos cambios de método, ya que el curso del Colegio de San Diego de Alcalá, de los franciscanos, cuyos alumnos durante un tiempo se destacaron en los exámenes de la Universidad de San Felipe, había sido organizado en estas etapas: dogmática, ética, cánones e historia eclesiástica.

En leyes el contenido de la enseñanza fue exclusivamente de derecho común: en el curso de Instituta, se estudiaban los cuatro libros de las Instituciones de Justiniano en tres años y se rendían los correspondientes exámenes; el de prima de leyes comprendía el Infortiatum, el de prima de cánones las Decretaler de Gregorio IX y sus complementos y el de Decreto el texto de Graciano. Desde las primeras décadas del siglo xvIII, el Consejo de Castilla estuvo luchando porque en alguna formase incorporase la enseñanza del derecho vigente, que era el derecho real de Castilla y de Indias y el derecho canónico del Concilio de Trento y posterior, pero no obtuvo gran cosa, ni en España ni en América.

La cátedra de medicina era enseñada dogmáticamente, siguiendo a Hipócrates y a Galeno aunque se ordenó que se estudiasen las Instituciones médicas del doctor Andrés Piques, lo que parece que no se pudo cumplir. Ella tuvo, eso sí, una importancia especial, pues el catedrático fue investido desde 1783 de la categoría de protomédico del reino, encargado de velar por la idoneidad de los que ejercieran las profesiones médicas y paramédicas y de las farmacias.

Respecto a la cátedra de matemáticas, fuera del movimiento que tuvo en sus inicios, tenemos sólo la noticia del empleo para el estudio de un libro muy reputado, el del padre Tosca y el curioso caso de un estudiante que rindió con gran éxito, después de haber litigado el asunto, todas sus pruebas en idioma vulgar, pues no sabía latín.

Más de una vez se trató que los estudiantes utilizaran libros impresos como se estaba haciendo en España. El fiscal del Consejo de Indias en su informe de 30 de abril de 1788, relativo a un proyecto de constituciones de la Universidad de San Felipe, propuso que un artículo que indicaba que los autores que debían seguir los catedráticos en sus cursos serían señalados anualmente por el rector y el claustro, fuera complementado con una lista de esos autores y de sus libros.

Tales libros, incluso los modernos y aún aquellos que no correspondían a cátedras del plan chileno, eran conocidos en Santiago y solían estar en las bibliotecas de los catedráticos, pero la escasez de ejemplares obligó a que se continuase el método de los cuadernos dictados a los alumnos. Por otra parte se produce una limitación de los libros utilizables al prohibirse, por cédulas reales, las obras de los jesuitas, que eran de gran importancia principalmente en teología, en moral y en lenguas.

El examen de los catálogos de las bibliotecas privadas a la época, de los que conocemos un buen número, muestran que la investigación científica, tanto en libros tradicionales como en los más nuevos de los hombres cultos de Chile, y particularmente de los universitarios, era amplia y respetable, no inferior a la de sus colegas peninsulares.