Las universidades nacen en la Europa de la Baja Edad Media por un impulso general hacia la cultura. Confluyen para ello el redescubrimiento de valores e intereses antiguos, la recepción importante de los logros del mundo islámico y el progreso y sistematización nueva de los conocimientos. Surgen en distintas partes, generalmente a la sombra de una catedral, en las cuales una de las dignidades de su cabildo es el maestrescuela, investido de la custodia del cultivo de las letras. Los universitarios forman un gremio de maestros y estudiantes: a menudo el término gremio se lo utiliza a través de los siglos para designarlos, aun sin apelativos. Las preocupaciones de fondo parten del estudio de un reconstituido organon aristotélico, elemento de saber básico, con sus partes de la lógica, la física y la metafísica.
La depuración de los textos de Aristóteles dura varios siglos y se la considera lograda a fines del siglo xv cuando se emprende la publicación de sus obras completas en el idioma original. Ese estudio va a constituir la facultad menor de artes o filosofía, puerta indispensable para los más de los otros estudios superiores. Éstos constituyen cuatro importantes grupos: la teología, desarrollada admirablemente hasta llegar a la Summa de Santo Tomás de Aquino; el derecho nuevamente concebido y válido en todas las latitudes, llamado el derecho común, con sus vertientes separadas, aunque a menudo entrecruzadas, una de formulación pontificia, reunida en el Decreto de Graciano y en las Decretales de Gregorio IX y en sus libros agregados, otro constituido por el intenso trabajo intelectual sobre el redescubierto Corpus iuris civiles de Justiniano y una sección pequeña relativa a las relaciones feudales. Además la medicina y las matemáticas, con fortísima influencia islámica, de creación propia, o de trasmisión de cultura antigua que se había perdido en el mundo cristiano. Así se constituyen las que luego se llamarán facultades mayores y poco a poco se institucionalizarán en un sistema articulado por los grados que los escolares pueden lograr desde el de bachiller hasta el de doctor. El contenido de los estudios es en todas partes, salvo variantes pequeñas, el mismo en el esquema: general que acabamos de anotar; a ello contribuyen eficazmente los hechos de que todo se desarrolla en una lengua común, el latín, y de que todos los universitarios tienen una común fe religiosa, el cristianismo.
En Castilla florecen como en el resto de Europa, las universidades, protegidas e impulsadas por los papas y los reyes. En el siglo xiii en las Partidas de Alfonso el Sabio hay una regulación general y detallada para ellas. Las hay numerosas, amplias o restringidas, de duración limitada o de permanencia definitiva: a veces cambian de asentamiento. En las primeras décadas del siglo XVI las dos principales eran la de Salamanca y la de Alcalá de Henares, ésta de creación reciente y con un tinte de especialidad hacia los estudios escriturarios, que le dio su fundador, el cardenal Jiménez de Cisneros; la de Salamanca era considerada el modelo de los estudios generales, por su amplio espectro de preocupaciones.
Incorporados los reinos de las Indias a la Corona de Castilla, los monarcas tuvieron como meta el establecimiento en las nuevas tierras, apenas ello parecía posible, de las mismas instituciones castellanas. Así se forma la red universitaria de América, a través del curso de su historia indiana. Muy temprano, en 1551, se establecen, en las capitales de los virreinatos, México y Lima; son dos universidades completas., bajo el patronazgo real y cuyo modelo era la de Salamanca. Por otro lado, desde el siglo xvi, los reyes solían impetrar de los papas la emisión de bulas que permitían establecer universidades limitadas sólo a los estudios de arte y teología, encargados a las órdenes religiosas y bajo la custodia de los ordinarios eclesiásticos. En general esta fue una medida transitoria, pues esas universidades debían cesar, cuando en el lugar, o cerca de él, se fundasen estudios generales bajo patronazgo real.
